高齢化による病気（慢性的なもの、不治のもの）が一番の原因だとされています。
http://www2.ttcn.ne.jp/~honkawa/7340.html
上のリンクは２００２年のデータですが、高齢化要因が特に多く、かといって経済要因も他県の上位と肩を並べるくらい多いです。そして、それ以外の解析されていない要因も群を抜いて多いです。

要因は色々考えられますが、以下のものが挙げられています。

①秋田は政令指定都市が無い等により、県の中心および全体に発展の兆しが無くて慢性的な不景気に陥っている。所得低下、雇用枠減少などにより経済面で追い詰められて自殺する人が増える。
②同じく主要都市の発展が無いため、娯楽を楽しむ若者が集まりにくく、自殺傾向の高い世代とされる高齢者が割合多く住んでいる。
③若者が県外へ出ていってしまうことにより、世話をしてくれる人がいないお年寄りが未来を悲観して自殺に走る傾向が強い。
④観光への力の入れ方が弱く、他県から浪費しに来る観光客が少ない。
⑤秋田は米どころという立地により日本酒の消費量が多く、酒の飲み過ぎによる脳卒中などの生活習慣病の発症率、死亡率が高いため、結果として病気にかかったときに治癒よりも自殺を選ぶ人が多くなる。
⑥雪国の保存食である漬け物による塩分過多、そしてしょっつる鍋などの郷土料理など塩分を摂取しすぎる傾向にあり、これも脳卒中などの原因となっている。
⑦納豆などあらゆる食べ物に砂糖を沢山入れる習慣があり、糖尿病などの発症率も高い。（秘密のケンミンSHOWで紹介された内容は大袈裟だと指摘されているが、県南部では実際にある習慣とのこと）
⑧雪が多く降り積もりやすい県では、家にこもることが多い冬の時期に自殺発生率が高くなる。気候が人間心理に否定的な影響を与えることは充分に考えられる。（秋田県のおよそ９０％の地域が特別豪雪地帯に指定されている）
⑨秋田は夏場もフェーン現象、やませ（冷害）により農作物への打撃が大きく、これにより経済的に追い詰められる農家が多い。
⑩都心のような娯楽が無く、パチンコのような不健全と言われる娯楽のみが発展してしまっており、趣味を楽しむ機会が少ない。
⑪集落相互監視体制や村八分といった「ルールに従わないものはつまはじきにする」という閉塞的な文化が根強く残っている地域が多い。周囲を敵にまわすと、徹底的に冷たい態度を取られ自殺に追い込まれる。
⑫秋田県民は「まじめ過ぎる」県民性だと言われており、何もかもが完全でないと気がすまないという余裕の無い性格が仇になっているとも言われている。
⑬冬は極寒のため、他県のようにホームレスが冬を越せない。
⑭どの県も自殺者数というのは一定の人数が出てしまうので、母数（総人口数）の少ない県が自殺の「率」で上位になってしまう。秋田県の人口は約１１４万人（４７都道府県中３７位）であり、母数が少ないぶん自殺者の「数」自体は少ないものの「率」で言うと１３年連続ワースト１位という結果になってしまう。

以上、単なる推測の域を超えていない理論もあるかと思いますが、秋田県は諸々の理由が重なっていることで自殺者が多い県となってしまっているわけです。

ただ、最近では青木ヶ原樹海での自殺多発により山梨県が自殺率ナンバーワンになったとされており、自殺防止の活動を続けている秋田での自殺率は減少傾向にあります。